動物中心位於本校F棟(大捨樓)5-6樓，自規劃即一切以Guide for The Care and Use of Laboratory Animals (NRC, USA 1996) 為規範，以本校既定之研究方向、不忘人道要求、配合國內動物來源、位處花蓮等特性進行籌設，期能因應本校爾後15年的需求。硬體設備為非常「教課書式」的標準化、多功能、但各區空間皆有限的典型醫學院實驗動物設施。 這共兩層樓，共約700坪的設施，可分為下列4種功能區 (圖1, 2及表1)。
圖1. 實驗動物中心5樓平面圖。各區室名稱對照表請參閱表1。 (可點圖放大)
圖2. 實驗動物中心6樓平面圖。各區室名稱對照表請參閱表1。 (可點圖放大)
功能區介紹
一、飼育區室
飼育室皆氣密且易清潔，且作恆溫、恆濕、全換氣、與走廊具壓差之人工環境控制。除飼養大型動物之欄飼室不作光照控制外，其餘飼育室皆以定時器，控制電燈開關。
1. 大動物欄飼區
- 位於5樓，共3間 (F515-F517室)，各飼育室皆備地面排水與水源，以利例行飼育時必須大量用水沖洗欄舍。
- 大動物欄飼區主要用於飼養體重小於70 Kg的實驗豬或提供須獨立的飼育空間。
- F517室可實驗兔群飼。
2. 多功能動物籠飼區
- 分別位於5、6樓飼育區，主用於飼育常見之嚙齒類與兔等實驗動物。
- 位於5樓，共4間((F503、F505、F506及F521室)，前3間為一組，共用一程序實驗室 (procedure laboratory, F50室)。具地面排水，且具可將排水口完全密封之旋蓋。
- 位於6樓，共11間(F603、F605、F607、F609、F610、F617-F618、F621、F623及F646室)，無地面排水。
- F607-F610室共用一間程序實驗室(F608室)，F6198-F621室共用一間程序實驗室(F620室)。
- 其中F609及F610室可調整呈陰壓或陽壓之飼育室。
3.第二級動物生物安全飼育室（ABSL-2）及檢疫室
- 位於5樓，共3間(F518-F520室)。兩種功能之飼育室內部均為負壓設計，並各設置Class II type B2之生物安全櫃1台，欲使用動物生物安全飼育室除需通過相關實驗動物申請文件外，尚須至本中心線上學習平台(請以Google Chrome)瀏覽生物安全相關教學影片並通過考試，以及進行生物安全櫃實體操作後方可使用。
- F518-F519室為第二級動物生物安全飼育室。
- F520室為檢疫室。
4. 潔淨動物飼養區
- 位於6樓，共5間(F631-F635室)，天花板空調進風口處，裝設HEPA過濾網，使室內空氣潔淨度達Class 10, 000。
- 主用於飼育須長久保持潔淨之動物，如中心自有品系繁殖動物區及免疫不全小鼠區等。
- 除人與動物外，所有飼育籠具與墊、飼料皆由F613室經高溫高壓滅菌鍋處理後送入F630室。
二、支援飼育的區域
1. 清洗區及滅菌區
- 清洗區：位於6樓北側，由洗籠間待洗側(F612室)、籠具滅菌室(F613室)、籠具準備室(F614室)及夾雜在其間之大型機械維修室所組成。此區配備之大型機械包括：隧道式洗籠機 (tunnel washer) 與籠架洗滌機 (rack washer)、2台大型雙門高溫高壓滅菌鍋、1台飲水瓶裝填機以及2台清洗飲水瓶頭之超音波機械。
- 滅菌區：除上述洗籠間洗淨側的2台大型雙門高溫高壓滅鍋外，5樓之F514室也備有2台單門的高溫高壓滅菌鍋。
2. 庫房
- 5、6樓各設一組墊料及飼料倉庫(F512、F611及F615室)。
- 5樓北側管制區外之動物屍體冷藏及冷凍庫(F540室)。
- 5樓3間消耗品用品儲藏室(F538、F541及F547室)。
- 6樓北側管制區外備有1間垃圾暫存室(F636室)。
3. 其他
- 洗衣房(F513室)。
- 飲水瓶裝填室(F524室)。
- 供應動物飲用水之RO水製造機機房(F638室)。
- 籠具維修工作室(F647室)。
三、共用實驗室空間
1. 無菌手術設施
- 位於5樓之動物手術專區(F523-F532室)。室內呈陽壓，空氣品質控制在Class 10,000。
- 由更衣室、刷手室、器具準備室、術前準備室、恢復室、X光室及手術室所組成。
- 備有共用的手術器材、桌上型滅菌鍋、無影燈及手術顯微鏡等。
2. 屍解房
- 位於5樓之511室，室內相對於走廊呈陰壓。
- 備可排氣又可用水的屍解台、排煙櫃、光學及解剖顯微鏡等。
- 本室為動物行安樂死之場所，故備CO2供應設備，此外，並置播放往生咒之錄音機。
3. 程序實驗室
- 分布在各飼育區及實驗區中共有4間(F504、F508、F608及F620室)，皆具嵌在牆面之實驗桌、水槽等，可用於簡單之試驗操作。
- 該室也可配無菌操作台 (laminar flow work station)，用於必須保持絕對潔淨之動物試驗與例行飼育之無菌操作。
4. 微生物學與血清學實驗室
- 位於5樓實驗區之F535室。
- 除應用於動物中心動物健康與環境微生物之例行監測，該處所備之儀器也可供研究人員共用。
5. 小動物影像設備區
- F507-F510室為小動物影像設備區。其小動物影像設備屬佛教慈濟醫療財團法人創新研發中心所有，如需借用需與設備負責人接洽。
- F507室放置7T-MRI小動物磁振造影(MRS7017FL, MR SOLUTIONS)。
- F510室放置IVIS spectrum 3D 定量活體螢光冷光影像系統(Perkin Elmer)及micro-CT超高解析度活體電腦斷層掃瞄儀(Quantum GXII, Perkin Elmer)。
6. 動物行為室及儀器室
位於6樓有2個空間作為動物行為室(F604及F606室)、1個空間為儀器室(F622室)，此4個實驗空間提供研究人員將動物實驗相關之儀器設備放置於此，以降低動物移出本中心所造成的感染風險，並以利資源共享。
四、行政辦公與休息區
- 位於5樓本中心入口處(F533、F534、F534a及F537室)。除是中心同仁之辦公與例行會議場所外，動物設施之空調控制、門禁管制以及警報，皆設置於此。
- 本中心之男廁及女廁則5、6樓皆具備，其中皆設有供應熱水的淋浴設備。
為確保動物飼育環境之恆定，動物中心應用碩大耗能的全換氣空調系統控制室內之溫、溼度與空氣潔淨，並連接緊急發電設備避免停電可能之後果。為保持動物之健康，用於飼育的籠具也例行應用可低溫滅菌之大型清洗機械維持清潔，部分籠具與墊、飼料與逆滲透飲水更以高壓蒸氣鍋爐滅菌，而設施內部之清潔、消毒與滅菌工作，並非委託清潔公司，而倚賴動物中心同仁。再者，各式環境與動物健康品管監測以每季例行進行。故維持動物中心整體之潔淨，實賴所有使用者具備良好之個人衛生與公德心。